З 1874 року у Хлистунівці діяла церковно-приходська школа, що розміщувалася в одному із церковних будиночків (дане приміщення зруйноване у 60-х роках).

          10 грудня 1910 року відкрилася двохкласна п’ятирічна школа. Побудована вона того ж року на кошти земського податку. До І групи школи було прийнято 48 учнів, з яких троє дівчат, решта – хлопці. Перший директор школи – Земніцький С.І. Навчання велося російською та слов’янськими мовами, українська була заборонена царським урядом. У 1913 році із прийнятих 48 учнів екзамени здали і закінчили школу лише 6. Дана школа, прозвана у народі як земська, діяла до 1941 року (до початку війни). У період Великої Вітчизняної війни у приміщенні школи розташовувалися фашистські стайні.

8 лютого 1944 року (в перший день визволення села від фашистських загарбників) Луценко Федір Миколайович, який до війни  працював учителем математики, потім учителем початкових класів,  від військового комісаріату отримав завдання відкрити школу у с. Хлистунівка (після демобілізації був призначений директором цієї ж  школи).     

Працювали на відбудові учителі, учні, батьки. Допомогу надавали воїни Радянської армії, які працювали на відновленні руху на залізниці.

2 березня 1944 року школа була відкрита та реорганізована у семирічку, у якій налічувалося  по 7-8 початкових класів. 1947 року стала неповною середньою з восьмирічним терміном навчання. 1961 року у Хлистунівці почала діяти ще й середня загальноосвітня школа сільської молоді (вечірня).

1965 року розпочалося будівництво нового приміщення школи за ініціативи голови колгоспу імені Котовського Баб’яка Василя Савовича. Допомагали у будівництві школи директор заводу залізобетонних конструкцій Левченко Павло Никифорович та директор щебеневого  заводу Шевченко Семен Федотович. Директором новобудови було призначено Кириленка Павла Івановича.

З 1967 року у даному приміщенні навчалися учні початкових класів, а 5-10 класи навчалися уже в новій школі, адже  з 1 вересня 1967 року почала діяти Хлистунівська середня школа з 10-річним терміном навчання в новому приміщенні.

У січні 2007 року Хлистунівська загальноосвітня школа І-ІІІ ступенів реорганізована у Хлистунівський НВК «загальноосвітня школа І-ІІІ ступенів – дошкільний навчальний заклад», директор -  Сенкевич Віктор Миколайович.

         Учні 1-11 класів навчаються у двоповерховому приміщенні школи, а у старому будинку школи силами працівників НВК було зроблено капітальний ремонт, підведено газове опалення. Там розташувалася дошкільна установа, у якій нині виховується 55 дітей.